Das Centrum für sexuelle Gesundheit wurde im Oktober 2001 von Mitarbeiter*innen und Unterstützer*innen der AIDS-Hilfe im rat + tat e.V. als AIDS Centrum Rostock e.V. gegründet. Dieser Schritt wurde notwendig, da dieses Projekt in dem Verein nicht weitergeführt werden konnte. Ab Februar 2002 nahm die Aids-Beratungsstelle des Centrums in der Grubenstraße seine Arbeit zunächst ehrenamtlich auf.